Christian Madlener wurde am 28. April 1981 in Luzern geboren. Seinen ersten Flötenunterricht erhielt er im Alter von zehn Jahren.
Im Sommer 2001 schloss er seine Ausbildung an der Musikhochschule Luzern mit dem Konzertreifediplom mit Auszeichnung ab und setzte sein Studium am Genfer Konservatorium in der Klasse von Jacques Zoon fort. 2003―2005 studierte er bei Prof. Renate Greiss-Armin an der Staatlichen Hochschule für Musik in Karlsruhe.
Neben seinen Studien besuchte Christian Madlener Meisterkurse bei James Galway, Peter-Lukas Graf, Felix Renggli, Daniel Castellon, Mario Caroli, Dominique Hunziker und Kioshi Kasai.
Seit 2019 ist Christian Madlener Soloflötist im Citylight Symphony Orchestra Luzern und spielt als freiberuflicher Zuzüger unter anderem im Argovia Philharmonic, der Süddeutschen Philharmonie Konstanz, der Zuger Sinfonietta, Camerata Cantabile und spielt im Bühnenmusikensemble des Opernhauses Zürich.
Er unterrichtet an den Musikschulen Kulm, Appenzell und Mollis-Näfels und der Zurich International School.